Gereja Immanuel awalnya adalah gereja yang dibangun atas dasar kesepakatan antara umat Reformasi dan Umat Lutheran di Batavia.
Pembangunannya dimulai tahun 1834 dengan mengikuti hasil rancangan J.H. Horst. Pada 24 Agustus 1835, batu pertama diletakkan. Empat tahun kemudian, 24 Agustus 1839, pembangunan berhasil diselesaikan.
Bersamaan dengan itu gedung ini diresmikan menjadi gereja untuk menghormati Raja Willem I, raja Belanda pada periode 1813-1840. Pada gedung gereja dicantumkan nama WILLEMSKERK.
Orgel yang dipakai berangka tahun 1843, hasil buatan J. Datz di negeri Belanda. Sebelum organ terpasang, sebuah band tampil sebagai pengiring perayaan ibadah. Pada 1985, orgel ini dibongkar dan dibersihkan sehingga sampai kini dapat berfungsi dengan baik.
Komentar